[PlayFair]

Es wird ja nicht mit aller Gewalt analysiert.

Die Matrix ist in der dargestellten Form unmöglich. Auch die dargestellt Energieversorgung der Maschinen ist unmöglich. Aber es ist egal, weil die Geschichte vielschichtig ist. Wenn man sich als Betrachter auf die Parameter einlässt, hat man aber wirklich seinen Spass am Film.
Man stösst ständig auf neue Details, die Logik im Film ist schlüssig und gut durchdacht. Mir macht es Spass sich über den Film zu unterhalten, grade weil der zweite (und auch dritte) Teil das volle Potential gezeigt hat.
Ich finde z.B., dass der erste Teil der schwächste der Trilogie ist. Ein guter Einstieg. Gäbe es aber den zweiten und dritten Teil nicht, würde ich Matrix auch nicht so herausragend finden.

Zu den von Dir aufgeführten Punkten. Es gibt sicherlich viel mehr, was nicht zu passen scheint. Vieles von dem ist aber inzwischen in einem der Filme gut erklärt worden. Das macht für mich grade den Reitz aus.
In deinen Beispielen, wäre es doch Möglich, dass die Menschen in Zion die Schiffe, das EMP und auch die Roboter gefunden haben. Es ist logistisch bei weitem einfacher, was zu betreiben und warten als was zu entwickeln und zu bauen.
Die Verteidigung von Zion hat den Fehler gemacht, sich komplett von Smith ausschalten zu lassen. Die Geschichte hat es so dargestellt, dass er mittels eines EMPs alle Schiffe außerhalb der Stadt unbrauchbar gemacht hat.
Die Geschichte, hätte auch einen Weg gefunden, dass Smith die EMPs in Zion sabotiert hätte, dass er das letzte in Zion zurückgebliebene Schiff zerstört hätte o.ä..

Es spielt deshalb auch keine Rolle, dass die Piloten der Stadtverteidigung ungeschützt in ihren Teilen sitzen und mit Projektilen auf um sich feuern, obwohl die Maschinen eine Vorliebe für Rupf, Stich und Schnitt Techniken haben und super schnell sind. Man braucht sich auch nicht fragen, warum nicht die Zionesen mit 40er Jahre V2 Raketen, EMP Sprengköpfe ballistisch in die Maschinen Stadt geschossen haben. Die sind damals weit aus weiter geflogen, als die Sicherheitsdistanz gereicht hat.
Weil die Geschichte nur auf einer anderen Ebene stattgefunden hätte. Der eigentliche Inhalt wäre der gleiche,
die Maschinen sind übermächtig.